本门课程属于前沿性专业必修课，高新技术多，操作流程长，内容丰富，比较难于理解，需要学生已经全面而扎实地掌握生物化学、遗传学、分子生物学等基础课程的知识，因而在教学的时候也需要运用多种教学方法，让学生真正理解与掌握本课程的基本概念、基本原理与基本思路，以便在接下来他们的本科论文和继续深造及工作中熟练应用。 

     1. 采用传统的课堂讲解式教学。基因工程课程介绍的研究技术比较多，比较抽象，所以讲解一定要思路明确。基因工程课程是一门系统性很强的课程，各章节之间易于连贯，在讲解的过程中始终贯穿基因的操作流程——切、接、转、增和鉴的思路，另外，再结合学生的思路、基础和理解能力循序渐进、深入浅出、形象生动地引导学生去理解课程的精髓与思想，把难理解的教学内容简易化，把枯燥的内容趣味化，把高深的内容形象化，使学生掌握其基本概念、基本理论与基本操作，熟悉基本流程。

     2. 采用启发式和专题讨论式教学让学生积极参与讨论。讨论不只是活跃课堂气氛，更重要的是让学生能够根据老师的启发、诱导，开动脑筋思考，培养他们发现问题、分析问题与解决问题的能力。在基本原理和基本技术学完后，以3人1组进行分组，根据学生的兴趣进行选题，通过查阅资料、幻灯片的制作、学生自己讲解、其他学生提问的形式使学生将所学知识应用到讨论、实验设计中，这样更有利于学生的理解和掌握。

     3. 采用归纳式教学让学生们能够学会自己总结、归纳、综合，举一反三。基因工程中的一些研究技术是相似的，但是目的并不相同。每到一定的时候，就要让学生们根据所学知识进行归纳总结和比较。例如例如在基因操作原理的内容学完后，就进入到各论部分，即将基因工程的原理应用于大肠杆菌、酵母、昆虫、动物以及植物的遗传改良及分子育种中，在详细讲解大肠杆菌的基因工程之后，以后的各章节按宿主系统、载体系统、转化系统、表达系统、鉴定系统以及应用现状与前景的思路进行对比讲解，并让学生根据以上几部分进行总结和归纳，这样才能让他们发挥学习主动性，知识掌握更牢固。